马英九11月10日在接见日本媒体时，针对亚太经济合作会议（APEC）区域贸易协议的议题表示，“希望不要将台湾排除在外”。至于泛太平洋战略经济伙伴关系协议（TPP），马英九表示会关注其动向。
据台湾媒体转述日本《经济新闻》的报道，马英九于今年6月首先与大陆签署经济合作架构协（ECFA），并以此为支力点，正积极参加区域贸易协议。
另外，马英九对日本媒体谈到对钓鱼岛问题的看法。他称，“‘中华民国’拥有钓鱼岛‘主权’”，希望能和平解决这个问题。台湾也提出“台日共同开发钓鱼岛近海的石油资源”等的构想。
另据日本媒体NHK报道，有关钓鱼岛问题，马英九希望台日之间能提升渔权谈判层级，“以政治主导的方式来谈”，或许会找出更多的解决方案。
